功能健全的消化系統是維護健康所必需的。人類腸道中包含許多非致病的細菌，它們會分化成原住與暫留菌叢。原住菌叢包含移生或潛藏在身體特定部位的細菌，這些微生物移生於口腔、上呼吸道、腸胃道以及泌尿生殖道的黏膜表面。當原住菌叢沒有填滿縫隙時，暫留菌叢會從外界移生至人體，也可持續存在。
腸胃道在出生時為無菌環境，天生的微菌叢(microflora)移生在嬰兒黏膜與成人不同。移生菌的組成不同，可能與母親分娩的方式或口服的配方有關。
由陰道分娩的嬰兒會被母親產道與環境的微生物所移生，包含coliforms,streptococci與革蘭氏陽性，非孢子厭氧桿菌。喝母乳的嬰兒腸胃道移生菌中Bifidobacteria較多，而Clostridium較少；喝配方奶粉的嬰兒有較多的Lactobacilli,Bacteroides與Clostridium以及相對較少的Bifidobacterium species。當嬰兒開始吃副食品時，喝母乳的嬰兒與喝配方奶粉的嬰兒腸胃道的菌叢變得類似，以Bacteroides與革蘭氏陽性厭氧球菌為主。當嬰兒兩歲時，開始轉變為成人的菌叢，Bacteroides與革蘭氏陽性厭氧球菌漸增直到它們的數目等同或超過Bifidobacterium。革蘭氏陰性厭氧菌的數目會增加到成人的程度，而coliform、clostridial與Streptococci會降低至與健康成人一樣的數目。
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根據健康管理中心統計發現，台灣的企業菁英最常見的病症，首推「腸胃道弱化」，包括消化不良、潰瘍、便秘、肝癌、胃癌及大腸癌等，最主要的原因即為過多的壓力、應酬、作息不規律。（東森新聞報）。
國內女性上班族在年輕的外表下，卻有著老化的腸道！一項調查發現，七十五％二十多歲女性上班族腸道狀況，比實際年齡要老十至二十歲，甚至有十三％的二十多歲女性，腸道狀況已比實際年齡老三十歲以上，分析發現，腸道老化與女性上班族外食比例高、壓力大及排便習慣不良有關。（自由電子報）
國內65%的高中生腸道比實際年齡老10歲以上，而小學生竟然高達54%；各級學生20%有便秘問題，且有5.6%的小學生一個星期只排便一次，經換算全國約有10萬名小學生有嚴重便秘問題。(自由電子報)
現代人工作壓力大、生活作息、飲食不正常，一超過30歲開始面臨各種老化的問題，最易顯現的莫過於皮膚長皺紋、新陳代謝緩慢、各種慢性疾病及老化症狀也悄悄上身，疾病的來源往往來自於身上毒素過多及排泄功能不良所致，腸道是人體重要的排泄器官之一，大部份的毒素及宿便囤積在長且彎曲的大腸內，如不加以注意，一旦腸道老化，排泄功能降低，就會引起各種疾病的產生，嚴重的甚至引發大腸癌。
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G菌(Lactobacillus Rhamnosus GG)是相當有名的一隻菌株，是屬於Lactobacillus rhamnosus(鼠李糖乳酸桿菌)菌種，對於它的研究資料相當的多。
芬蘭的研究者於2001年在世界知名的醫學研究期刊「Lancet」發表了重要的研究成果，他們選定具有異位性體質家族病史的159位孕婦，隨機且雙盲地將她們劃分為治療組與對照組，其中治療組孕婦在生產前2-4週就需每日服用二顆內含一百億單位的G菌，產後如有餵母奶的婦女仍需繼續服用，若沒餵母奶的嬰兒則開始餵食G菌至嬰兒六個月大。
結果共有132位孕婦完成研究並追蹤直到其小孩滿二歲為止，他們的研究發現，餵食益生菌治療組64位婦女的小孩中只有15位（23％）在二歲前出現異位性皮膚炎的症狀；而對照組68位婦女的小孩則有31位（46％）在二歲前出現異位性皮膚炎，因此服用益生菌似乎具有顯著的預防異位性皮膚炎發生的效果，可以減少約50％的異位性皮膚炎發生。
緊接著在2003年他們又在「Lancet」發表了前述嬰兒追蹤四年後的結果，使用G菌組53位兒童有14位罹患異位性皮膚炎；對照組54位則有25位出現異位性皮膚炎，因此作者認為懷孕期與哺乳期使用益生菌對於異位性皮膚炎發生的預防效果可以持續到孩童四歲時。
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F菌(Lactobacillus Fermentum)乳酸桿菌屬酵母菌，據英國廣播公司（BBC）引述《新科學家》雜誌的文章指出，研究人員發現，F菌具有抑制抗藥性細菌「金黃色葡萄球菌」成長的效果。西安大略大學的微生物學家雷德(Gregor Reid)，是執行這項研究的研究人員之一。他說乳酸桿菌屬酵母菌似乎能夠抑制比它更危險的細菌的成長，而原因仍不清楚。
兒童時期疾病資料雜誌2005：Lactobacillus Fermentum用於治療異位性皮膚炎之效果
此研究之目的為「 益生菌用於治療中度至嚴重性異位性皮膚炎之效果評估(年紀為6-18 個月大)」。 隨機分組之雙盲性、安慰劑控制試驗。56 位6~18個月大患有中度至嚴重異位性皮膚炎的嬰兒參與此項研究，其中有53位完成該項試驗。
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Lactobacillus Paracasei (P菌)是近年來在台灣相當出名的菌種，主要用途是在抗過敏方面。
利用P菌的細胞壁與人體腸道黏膜結合，誘導分泌高濃度γ干擾素，來減低過敏發炎反應中細胞間白素4、5、13的作用，驅使過敏發炎反應趨向非發炎性的第一型Ｔ細胞免疫反應路徑進行。同時P菌也會誘導細胞間白素12大量分泌，驅使過敏發炎反應趨向非發炎的第一型Ｔ細胞免疫反應路徑進行。
由於益P菌可以使過敏發炎反應轉趨為非發炎的第一型Ｔ細胞免疫反應，此機制為「非抗原特異性」之發炎反應阻斷性免疫調節，因此P菌可有效改善各類型過敏原（如塵蟎、花粉等）所引起的「多種」過敏症狀，包括過敏性氣喘、過敏性鼻炎、過敏性鼻竇炎、過敏性結膜炎、異位性皮膚炎、過敏性蕁麻疹、過敏性濕疹、過敏性偏頭痛、過敏性肺炎等，但無任何副作用發生。
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