許清祥醫師表示「過去以生化方法分析鑑定菌種及功能的研究如同大海釣魚一般，難以分辨菌種。」他表示如今運用分子生物醫學，使用微陣列技術可以同時於短時間分數千種基因和蛋白質，將乳酸菌種與人類免疫細胞一起培養，利用腸胃內視鏡從健康人體腸胃道中分離出四百餘種乳酸菌，建立詳細的菌種資料庫，經由培養後再抽取免疫細胞RNA分子，與透過設定基因參數的微陣列基因晶片的菌種作雜交反應，使用免疫反應的基因作為標的，篩選出結果，並進一步分析有效功能特性。他表示目前已經可做到一萬個基因。
目前菌株分離的做法如下：
1.藉內科腸胃內視鏡由人體進行菌株分離
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益生菌的細胞壁成份(Peptidoglycan)，和腸道內皮細胞上的TOLL接受器，尤其是TOLL-2接受器的結合，能活化細胞內的轉譯蛋白NF-κB 移至核內而釋放大量細胞素 (IL-12)，經由先天免疫系統，確實能活化T細胞的發育。
經由這樣的作用使得T細胞，趨向第一型 Th1反應，抑制 IgE 合成，B細胞，分泌更多的免疫球蛋白G(IgG）
另外也利用動物實驗來測試益生菌抗過敏的效果：
動物在餵食乳酸菌後，接受塵蟎的呼吸挑釁試驗，24小時後，測量呼吸道中肺高達100pg/ml的IFN-γ產生，對照組僅有20-40pg/ml的IFN-γ產生在國際文獻報告中，亦曾有記載 提高IFN-γ能有效的抑制過敏發炎反應。
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近年來免疫學最大的進展便是發現居於人體免疫樞紐的中心細胞T淋巴球可以因為所分泌的細胞素不同而分為二群，第一型T淋巴球（Th1）主要分泌γ干擾素，可促進細胞免疫，並使B淋巴球分泌免疫球蛋白G抗體（IgG）；相反的，第二型T淋巴球（Th2）則主要分泌細胞間白素-4、5、9、13，可促進體液免疫，但使Ｂ淋巴球分泌免疫球蛋白E抗體（IgE），第一型和第二型T細胞存在著動態的平衡關係，誰盈誰虧，往往決定了整個免疫系統對抗原的反應結果，這與傳統醫學中，對「陰陽互根消長」的描述幾乎相同。而過敏病人正是第二型T淋巴球的反應太「偏勝」，作用太明顯的結果。
過敏疾病是一種免疫疾病，是人體內的免疫功能失調，出現不平衡的狀況。由於人體內有抗原（過敏原）進入，身體就會產生免疫保護作用，當人體再次接觸抗原時，就會誘發身體免疫系統產生反應，T細胞會釋放γ干擾素（IFN-γ）、細胞間白素2（IL-2），使免疫反應趨向第一型T細胞反應，B細胞因此分泌更多的免疫球蛋白G（IgG）。
但是，有過敏體質的人，當過敏原進入體內，則會誘發身體免疫系統朝第二型T細胞免疫反應，T細胞會釋放細胞間白素4、5、9、13，讓免疫Ｂ細胞製造免疫球蛋白E（IgE）增加，黏附在肥大細胞（Mast cells）上，再遇過敏原時，過敏原會黏附在免疫球蛋白Ｅ上，共同作用後，肥大細胞會釋放發炎介質如組織胺（Histamine）、稀三白素（Leukotriene)、前列腺素（Prostaglandin）、和血小板活化因子等，這些發炎介質會進一步影響呼吸道產生發炎反應，導致過敏症狀發生。
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一、原理
益生菌療法是由免疫學的角度來發展的，它是利用益生菌（乳酸菌）細胞壁與人體腸道黏膜作用，使人體釋放出激素，來達到調整體質的作用。
不同的異生菌會有不同的特殊作用，但是基本的整腸功能則是益生菌都具備有的特性。
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