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許多研究發現，腸胃道的微生物可能透過下列機轉而加強人體本身抗過敏的能力：
１．增加TH1免疫力，人體的TH反應可分為TH1免疫反應與TH2免疫反應，TH1免疫力主要和對抗外來微生物或其他外來物質有關，而TH2免疫反應則和過敏體質有關。
２．產生轉形生長因子 （transforming growth factor; TGFβ），TGFβ已被證實在抑制TH2過敏反應中扮演非常重要的角色，此外它也與人體對食物產生「耐受性」（tolerance）有關。
３．產生免疫球蛋白（Ig）A，這是黏膜免疫系統要發揮正常功能的一個重要組成。
除此之外，實驗也發現有些種類的乳酸桿菌可以活化單核球產生丙型干擾素（interferon-γ）與介白素（interleukin）12號（IL-12），進而抑制IL-4與IL-5的產生，而IL-4和IL-5都與TH2過敏反應密切相關。
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