一、原理
益生菌療法是由免疫學的角度來發展的，它是利用益生菌（乳酸菌）細胞壁與人體腸道黏膜作用，使人體釋放出激素，來達到調整體質的作用。
不同的異生菌會有不同的特殊作用，但是基本的整腸功能則是益生菌都具備有的特性。
目前益生菌療法利用不同的益生菌菌株，對人體產生的功能計有：整腸健胃、抗過敏、保肝、降低膽固醇及提升整體免疫力。
二、死菌與活菌的差異
簡單來說就是效果的延續性上的差異，死菌細胞壁仍存在，因此人體食用後，仍會有一次的作用。目前市售益生菌產品大多是死菌產品。活菌，由於可以定殖在人體的腸到中，可以持續與腸道黏膜作用，持續性的改善體質。
益生菌最怕熱而不怕冷，超過60oC就開始死亡，就像雞蛋遇熱便成荷包蛋一樣的道理，而益生菌做大的活性則是在2~4oC的低溫中，這也是為何會建議將益生菌存在冷藏的環境中。
所以我們再選購益生菌的產品時，要格外注意其運送及保存的環境，免得買到的全都是死菌。
三、耐胃酸、膽鹽及腸道附著力
食用益生菌必須經過我們的消化系統，才能到達腸道，如果是死菌較不用顧慮胃酸、膽鹽的威脅，如果是活菌，則要特別注意。有的廠商利用晶球將脆弱的益生菌包起來，讓它能順利到達腸道，有的則是篩選出耐胃酸、膽鹽的菌株，本身就可以順利通過消化道到達腸胃道。
益生菌通過消化道的考驗來到了腸道，能不能順利在腸道中定居下來，這就是所謂的定殖力，一般來說，如果食用的益生菌能有1/10在腸道中存留下來，已經算是很高的定殖率，所以腸道定殖率也是影響益生菌療法成效的因素之一(本土型的乳酸菌由於是從國人體內粹取出來的，所以定殖力會優於進口的乳酸菌)。
四、正確的食用方式
益菌跟壞菌在人體腸道的關係，就好像一場天使與惡魔的戰爭，所以在施行益生菌療法的初期，必須定時、大量的食用益生菌，將益生菌送到腸道中與壞菌作戰。
等到益生菌在腸道中慢慢穩固，開始可以減少食用的數量。最後，益生菌已經在腸道中建立完成（大約需6個月），則僅需偶爾補充自然流失的量即可。
五、施行益生菌療法的困難點
以下是個人在施行益生菌抗過敏上的小小心得
1.觀念不正確：
過去在吃一些保健食品，總是存著有吃有保佑的心態，初期在施行益生菌療法，也是抱著這個態度，而且益生菌膠囊售價也不便宜，也捨不得吃太多，所以成效不彰。
在認識許醫師之後，才知道我的觀念是錯誤的，之前算是白做工，腸道的益菌根本沒建立穩固，後來改成正確的方式，至今已經近三個月，成效慢慢浮現。
2.恆心不足：
完整的療程需要6個月的時間，在進行益生菌療法，常常會忘記吃膠囊，後來改用食用檢查表來協助克服健忘症。
六、結論：
以過敏來說，是屬於基因的問題，目前醫學上並無法根治。傳統西醫以類固醇等藥物來抑制過敏的發炎現象，並利用微量過敏原的注射，來讓人體習慣過敏原的刺激（減敏治療）。
由於醫學的發達，中醫等替代療法，發展出改善人體體質，強化免疫系統平衡來與現今西醫的過敏治療配合，都有不錯的成效。
益菌跟壞菌在人體腸道的關係，就好像一場天使與惡魔的戰爭，所以在施行益生菌療法的初期，必須定時、大量的食用益生菌，將益生菌送到腸道中與壞菌作戰。
等到益生菌在腸道中慢慢穩固，開始可以減少食用的數量。最後，益生菌已經在腸道中建立完成（大約需6個月），則僅需偶爾補充自然流失的量即可。
五、施行益生菌療法的困難點
以下是個人在施行益生菌抗過敏上的小小心得
1.觀念不正確：
過去在吃一些保健食品，總是存著有吃有保佑的心態，初期在施行益生菌療法，也是抱著這個態度，而且益生菌膠囊售價也不便宜，也捨不得吃太多，所以成效不彰。
在認識許醫師之後，才知道我的觀念是錯誤的，之前算是白做工，腸道的益菌根本沒建立穩固，後來改成正確的方式，至今已經近三個月，成效慢慢浮現。
2.恆心不足：
完整的療程需要6個月的時間，在進行益生菌療法，常常會忘記吃膠囊，後來改用食用檢查表來協助克服健忘症。
六、結論：
以過敏來說，是屬於基因的問題，目前醫學上並無法根治。傳統西醫以類固醇等藥物來抑制過敏的發炎現象，並利用微量過敏原的注射，來讓人體習慣過敏原的刺激（減敏治療）。
由於醫學的發達，中醫等替代療法，發展出改善人體體質，強化免疫系統平衡來與現今西醫的過敏治療配合，都有不錯的成效。
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