許清祥醫師表示「過去以生化方法分析鑑定菌種及功能的研究如同大海釣魚一般，難以分辨菌種。」他表示如今運用分子生物醫學，使用微陣列技術可以同時於短時間分數千種基因和蛋白質，將乳酸菌種與人類免疫細胞一起培養，利用腸胃內視鏡從健康人體腸胃道中分離出四百餘種乳酸菌，建立詳細的菌種資料庫，經由培養後再抽取免疫細胞RNA分子，與透過設定基因參數的微陣列基因晶片的菌種作雜交反應，使用免疫反應的基因作為標的，篩選出結果，並進一步分析有效功能特性。他表示目前已經可做到一萬個基因。

目前菌株分離的做法如下：

1.藉內科腸胃內視鏡由人體進行菌株分離

2.嬰兒排遺中進行菌株分離

3.單菌落分離培養
新菌株的鑑定(利用生物晶片篩檢和鑑定技術)：



革蘭氏染色及形相鏡檢--（鑑定革蘭氏陰陽性）

API 培養基鑑定--（鑑定乳酸菌菌屬）

16S rDNA特異性基因分析--（鑑定乳酸菌菌種）



附圖為生物晶片DNA排列篩檢
新發現機能性菌株必備要件：

(1) 源自於人體之有益菌

(2) 對胃酸及膽鹽耐受性強

(3) 公認安全 (Generally recognize as Safe; GRAS)之微生物

(4) 製備及貯藏期問須能保持活性及其穩定性

(5) 可於腸道中保持代謝活性，並可成為優勢菌種

(6) 可使腸道菌相保持均衡而促進腸道健康

(7) 可定殖於人類腸道上皮細胞產品

(8) 必須能大量生產並具商業價值

(9) 對抗生素具有耐受性，對其它微生物具有拮抗性



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